瓊脂糖凝膠電泳實驗步驟：
(1)安裝電泳管
選擇聚含均勻、無氣泡、無裂縫、膠面平整并與管壁沒有脫離現象的合格凝膠電泳管 插入上電極槽底板的各圓孔中，留1/5在底板上方，保證使電泳管與底板垂直，密封處不 致滲漏。
(2) 加樣
可利用上述方法制成樣品膠，也可以用如下的一種方法加樣。
將樣品溶于200mg/ml濃度的蔗糖溶液中，或溶在10%甘油中，然后加在濃縮膠的 表面。
或將熔化的瓊脂與樣品溶液混合后加在濃縮膠表面。
或用與電泳管內徑相近的圓形厚濾紙片，將樣品溶液吸收后，緊貼在濃縮膠表面。 如樣品是固體，應先溶在濃縮膠緩沖液中，并加入足夠量lmol/L的蔗糖溶液，使樣 品溶液的比重增大，再加在濃縮膠表面.
必須保證樣品溶液具有低電導性，鹽濃度不應超過0. 05mol/Lo
目前常用的加樣方法是：用稀釋5-10倍的濃縮膠緩沖液，使其成lmg/ml的濃 度，再加蔗糖使成濃度，然后在濃縮膠面上有電極緩沖液存在的情況下，用合 適的加樣工具如微堇注射器，插入濃縮膠面與上方的電極緩沖液界面處，輕輕地將樣品加 在濃縮膠面上.
(3) 加電泳緩沖液
樣品加入后，在上下兩個電泳槽中灌注電極緩沖液，緩沖液的溫度需與電泳溫度一 致。加入緩沖液時應小心操作，不能攪動電泳管中的樣品溶液，并不使電泳管上下口留有 氣泡。緩沖液的用垃隨容器的大小而有異。一般情況下電極槽中的緩沖液量能使電泳管 至少有3/5浸入緩沖液為宜。
(4) 加指示染料
對于電泳系統常用的指示染料為0. 001%溴酚藍，酸性系統常用的是0. 005%甲基綠 或甲烯藍。用量為每500ml緩沖液加指示染料1mlD 一般加在上電泳槽緩沖液中。
(5) 瓊脂糖凝膠電泳
在電泳槽上裝配好電極，接通直流電源。堿性系統上電極接負極，酸性系統上電極接正極。
對于直徑5?7mm的凝膠，初2分鐘用1mA/管的電流進行電泳，然后逐漸升高到 2?5mA/管（10分鐘）。通常5mm X 65mm的凝膠在20 C時用4mA/管進行電泳,大約需時40分鐘。
在電泳過程中，常要求電流保持恒定。此時，電壓會有升高。如果電流大而產生過高 的歐姆熱，影響某些樣品時，可以降低電流而延長電泳時間。
電泳時間的長短與所用電流和凝膠的長度有關。為了節(jié)約時間也可以使用天能預制膠。但即使應用同樣長度的凝膠，也會因凝膠系統和 樣品性質的不同，而使電泳時間有差別。對于一般的 分析工作來說，如指示染料已遷移至距凝膠下端3? 6mm時,就可停止電泳，切斷電源,取出電泳管。電極緩沖液可重復使用若干次，上下電極緩沖 液一般不要混合貯存，也不要將前一次的負極緩沖 液作下一次電泳時的正極緩沖液。因為經電泳后，二 電極的緩沖液組成已有了變化。
有時候，我們需要進行長時間的電泳。例如:DNA的分離有時長達10余小時。為了防 止由于電極反應使緩沖能力耗盡從而引起pH的變化影響分離，1977年美國匹茲堡大學 T.G. Cooper提出用循環(huán)緩沖液的辦法來保持緩沖能力不致耗盡，以達到緩沖溶液能較 長期使用的目的。
上下兩個電泳槽的緩沖溶液水平保持恒定，但又沒有建立通路。下槽的緩沖液可靠輸 液器一滴一滴地滴入上槽。而當上槽的緩沖液增加時，就會經溢流管滴回到下槽，使上下 兩槽的緩沖液水平在電泳過程中始終保持恒定。要注意的是,滴入上槽中的緩沖液，必須 不是線狀連續(xù)的。
瓊脂糖凝膠的取出
電泳結束取出電泳管。然后,用配有細長針頭并盛有水的注射器，將針頭小心地插入 凝膠和玻璃管壁之間，邊插入轉動管子同時壓進一些水，另一端也作同樣處理。然后，將管F套上橡皮管用自來水壓力壓出凝膠，或用洗耳球壓岀凝膠。如果壓岀凝膠困難時，注射 器內可裝甘油代替水壓入凝膠和管壁之間。也可以用一根金屬細絲，從凝膠和管壁之間穿 過整個玻璃管，然后，拉緊金屬細絲轉動玻璃管一周，就能使凝膠脫離管壁，再用洗耳球擠 壓，就很容易壓出。
也可以將電泳管浸入甲醇中，使凝膠收縮與管壁脫離而取岀，或根據具體條件用別的 辦法取出凝膠。但必須注意，無論用何種辦法，必須不損傷膠面。特別是濃度低的大孔凝 膠，機械強度差，取岀時應格外小心。
